徐正文的副官田昱告诉俞北平(陈建斌 饰)清城防务方案的与会人员共有五人，分别是清城特调局副主任蒋维民，情报处主任程忠义(周铁 饰)，技术部长张炳坤(曹丞 饰)，行政处秘书舒晓梅以及办公室主任秘书范自强，而约翰少校的行程只有他们五人知道，他们有最大嫌疑。之后，徐文正(冯恩鹤 饰)告知俞北平这次清城查案是对他的考验，俞北平对此自然也是严阵以待。
而清城特调局的主任吴昆才(曹卫宇 饰)正同程忠义商量对俞北平接风宴的菜色，程忠义则告诉吴昆才美方不肯接见他。吴昆才不欲多谈此事，便用程忠义的终身大事作调侃以转移话题。
与此同时，美军驻清城港口指挥部情报处中尉林莎(齐溪 饰)正在调查约翰案的现场遗留物，随后她告知美军驻清城港口指挥部情报处处长安德烈，在汽车起火前，约翰所携带的文件已经泄密。安德烈要求林莎一定要找出潜伏在清城特务局的共党特务。
正当程忠义同舒晓梅吃饭时，林莎正好找到他。林莎告诉他检测结果，并表示美方已经介入调查。在得知美方介入约翰案后，吴昆才忙派人将蒋维民捉拿以示己方的诚意，同时为了不得罪蒋维民，他将抓捕的蒋维民请到自己办公室后安抚他的情绪。
此时，俞北平正准备同夫人徐咏仪(李煜 饰)前往清城，在整理物件时，得知郑翊(俞飞鸿 饰)拿走了他的打火机。俞北平知道郑翊是他的潜伏生涯里的威胁，便跑去同郑翊再次解释自己同张瀚民的关系，试图撇清自己嫌疑，但郑翊并不吃这套。俞北平无奈之下只能离开。
俞北平同妻子徐咏仪前往清城，一路上徐咏仪很是担心女儿徐丹妮(朱颜曼滋 饰)。而此时，徐丹妮正在休息间等待曹旭东，准备话剧的演出。在徐丹妮焦急等待中，曹旭东赶到，两人匆匆上台表演话剧。哪知在表演途中，一队国军突然闯入剧院要捉拿加入共产党的同时也是约翰案线索之一的曹旭东，徐丹妮见状，忙掩护他离开。最后，曹旭东成功逃脱，而徐丹妮由于包庇曹旭东的原因被国军带回了警备部的审讯室审问。
由于徐丹妮是俞北平的女儿，情况特殊，清城警备司令部政治部主任陈雪明(高群书 饰)打电话给吴昆才询问要如何处置，并提醒他可以用此事让俞北平欠他人情。这时，俞北平和其夫人到达清城，吴昆才接他们去为他们准备好的住所。在路上，吴昆才告诉他们两人徐丹妮被抓的消息，俞北平听此便让车开往警备司令部。
徐咏仪见到徐丹妮被拷在审讯椅上的场景揪心不已，俞北平劝徐咏仪冷静下来，并亲自去询问徐丹妮。徐丹妮大骂俞北平是个特务，俞北平闻言怒极，打了徐丹妮一耳光。
随后，俞北平找到陈雪明，并对他软硬兼施，要求他放了自己女儿。陈雪明迫于压力，只能放了徐丹妮。
而另一方，郑翊得知俞北平已经到达清城后，要求下属抓紧时间伪造《攻防部署》准备带到清城，来探俞北平的底。同时，郑翊还打电话给吴昆才，要求他全天监控俞北平，而俞北平见吴昆才打了很久的电话，不由得起了疑心。这时，警备司令部正好派人送徐丹妮到俞北平住所……